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21/09/08 22:50
3D 모델과 원본이 어떻게 표현? 저장? 되어있나요?
dice similarity coefficient (DSC)은 두 이미지가 비트맵으로 돼 있을 때 쓰입니다. 3차원이니 2차원 비트맵 여러개 쌓아 놓은 형태라고 보시면 됩니다. 복셀은 2차원 그림에서 픽셀의 3차원 버전이고 정육면체 유닛이라고 생각하시면 되고요. 모델이 2d mesh 라면 3차월 그리드를 만들어서 비트맵같은 형식 바꾸시면 됩니다. DSC 말고 hausdorff distance나 mean distance도 가끔 쓰입니다.
21/09/09 09:32
원본은 dcm 파일을 이용해서 모델을 만들기는 했는데 bmp, jpg, tif 다 가능해요. 모델은 3D 프린트 용이라 stl 파일로 있어요.
Dsc로 일치도 확인하는건 volume을 가지고 평가하는거죠? 혹시 보통 어느 프로그램으로 값을 구하는지 알 수 있을까요? ㅠ 그리고 모델 검증할 때 주요 부위의 길이 같은 것만 비교하는 것도 괜찮나요? 참고할 만한 서적이나 관련 분야를 주로 다루는 학술지가 있을까요? 제가 모델링하는건 혈관이에요 ㅠ 염치없게 물어본 글에 이렇게 답변주셔서 감사합니다.
21/09/10 09:49
Binary mask 라는 전제 하에,
DSC = 2*[GT&PRED] / [GT+PRED] (단, GT는 GT가 1 인 voxel 수, PRED는 PRED가 1 인 voxel수, GT&PRED는 GT와 PRED의 교집합 중 1인 voxel 수)
21/09/12 01:49
음 대부분의 언어에서는 간단히 두 바이너리 행렬을 곱하면 됩니다
행렬 [1, 1, 0, 0] x 행렬 [0, 1, 1, 0] = 교집합 행렬 [0, 1, 0, 0] 이 때의 다이스 계수는 (2 * (1)) / (2 + 2) 가 되어 0.5가 됩니다
21/09/19 06:36
답이 많이 늦었네요;
stl 파일을 dicom이나 nifti 파일로 바꿔서 처리하시면 될거에요. 해보진 않았는데 3D Slicer 로 할 수 있을 것 같네요 (https://www.slicer.org/) dicom 파일들과 stl 파일 불러온 다음 매치하는지 확인하시고요. model to label map (https://www.slicer.org/wiki/Documentation/4.10/Modules/ModelToLabelMap) 쓰셔야 하는데 reference volume을 불러들인 dicom으로 하시고요. save에 가서 둘 다 nifti 파일로 저장하면 될 것 같아요. python이나 matlab으로 nifti 파일 읽어와서 dsc 계산할 수 있습니다.
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